Что касается автоматической загрузки, вы можете довольно легко использовать загрузчик Doctrine с новым стеком Zend_Loader_Autoloader. Взгляните на эту страницу , особенно там, где упоминается метод pushAutoloader ().
Вот базовый вариант:
$autoloader = Zend_Loader_Autoloader->getInstance();
$autoloader->pushAutoloader(array('Doctrine', 'autoload'), 'Doctrine');
При этом будет использоваться собственный автозагрузчик Doctrine только для классов, начинающихся с Doctrine, если они еще не найдены другими автозагрузчиками в стеке.
Надеюсь, это немного поможет.