GCC уже делает это - вы можете указать дополнительные каталоги, которые будут рассматриваться как «системные каталоги», если у вас есть несколько заголовков, для которых вы хотите подавить предупреждения:
Я на самом деле не знаю про llvm / clang, но, поскольку у clang есть опция -Wsystem-headers
, чтобы включить предупреждения от системных заголовков, я бы предположил, что она делает что-то похожее на GCC для системных заголовков (то есть, подавляет предупреждения для их).