Если эти файлы находятся в каталоге, который еще не был зафиксирован, вы можете удалить все содержимое каталога из следующего коммита, выполнив:
svn delete --keep-local /path/to/directory
Однако, если эти файлы уже находятся в репозитории и теперь содержат изменения, которые вы не хотите фиксировать, вы можете зафиксировать остальные файлы с помощью списков изменений:
svn changelist somename /file/to/be/committed
svn commit --changelist somename