Обычно это происходит из-за того, что процесс view_server.exe
все еще блокирует файл.
Сначала необходимо отключиться, но также убедиться, что представление было остановлено.
Лучше всего остановить просмотр скомандная строка:
cleartool endview -server yourView
Затем вы сможете без проблем удалить проект из Eclipse (если у вас нет других процессов, не связанных с ClearCase, сохраняющих дескриптор одного из файлов вашего проекта).