Нашел решение через IRC-канал #doctrine.Соединению необходимо передать конфигурацию отдельно, поскольку DocumentManager не применяет переданную ему конфигурацию к соединению, которое оно создает.Это будет исправлено в следующей версии.Вот как вы это делаете вместо этого -
// setup the mongodb connection
$connection = new \Doctrine\MongoDB\Connection(null, array(), $mongoConfig);
// create the document manager for the connection above
$dm = \Doctrine\ODM\MongoDB\DocumentManager::create($connection, $mongoConfig);