Я вижу два способа сделать это
первый
Вы можете использовать ExceuteCommand -метод DataContext для запуска некоторых операторов T-SQL для создания таблиц.
и второй
вы можете использовать эту хак-функцию, если у вас есть тип таблицы, как предложено здесь
public void CreateTable(Type linqTableClass)
{
using (var tempDc = new DmsDataContext())
{
var metaTable = tempDc.Mapping.GetTable(linqTableClass);
var typeName = "System.Data.Linq.SqlClient.SqlBuilder";
var type = typeof(DataContext).Assembly.GetType(typeName);
var bf = BindingFlags.Static | BindingFlags.NonPublic | BindingFlags.InvokeMethod;
var sql = type.InvokeMember("GetCreateTableCommand", bf, null, null, new[] { metaTable });
var sqlAsString = sql.ToString();
tempDc.ExecuteCommand(sqlAsString);
}
}