MSMQ имеет смысл, хотя есть и соображения безопасности и развертывания. Вы можете взглянуть на служебную шину (например, NServiceBus или MassTransit), а также есть брокер служб SQL Server, который может помочь (а также может использоваться служебной шиной в качестве транспорта).
WCF - это еще одна вещь, на которую стоит обратить внимание, однако это действительно межсетевой транспорт, так что вы, вероятно, все же хотите, чтобы вызовы WCF помещали сообщение в очередь на сервере.
Я не рекомендую удаленное взаимодействие, потому что трудно поддерживать разделение проблем, и, прежде чем вы это узнаете, вы разрабатываете действительно болтливый интерфейс, не осознавая этого. Удаленные вызовы в относительном выражении стоят дорого, поэтому вы должны стараться, чтобы сообщения были достаточно грубыми. WCF будет моей рекомендацией. Не в последнюю очередь потому, что вы можете настроить его на использование транспорта HTTP и избежать большого количества проблем при развертывании и безопасности.