Все основные API-интерфейсы Windows, экспортируемые из kernel32.dll и advapi32.dll, обычно считаются системными вызовами (есть и другие, и есть API более низкого уровня, но это, вероятно, будет соответствовать вашим требованиям (API более низкого уровня недокументированы и намного сложнее) использовать)).
Чтобы использовать их в приложении C, если вы используете Visual Studio или среду сборки Windows SDK, вам просто нужно добавить:
#include <windows.h>
в ваш исходный файл. Затем вы можете сделать любой из вызовов API из вашей программы на C.
Возможно, вам придется добавить kernel32.lib при компоновке вашего приложения.