Вы можете добавить раздел BasicHTTPAuthentication, как вы можете найти его на нескольких сайтах в вашем администраторе .htaccess
Вы можете использовать,
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^admin/.*$ /admin/index.php [L]
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^.*$ /index.php [L]
Базовый auth .htaccess позаботится об аутентификации в поддире.