Вам нужно объединить две таблицы.
UPDATE tableB
INNER JOIN tableA on (TableA.id = TableB.id)
SET tableB.MyInt = 1 WHERE TableA.`Column` != TableB.`Column`
Объединение соответствующих идентификаторов кажется логичным, потому что
JOIN tableA on (tableA.`column` != tableB.`column`)
будет делать что-то похожее на перекрестное объединение, вероятно, не то, что вы ожидаете.
Обратите внимание, что column
является зарезервированным словом в MySQL и должно быть заключено в обратные черты: `