Вы на 100% уверены, что проблема в этом?У меня никогда не было загрузки такого количества моделей, в том числе потому, что CI работает как своего рода одноэлементный объект, поэтому объект всегда один, а также классы не перезагружаются / не создаются, если один экземпляр уже существует.
Если у вас есть проблемы с вашей базой данных, попробуйте установить для pconnect (постоянное соединение) значение FALSE в config/database.php
.Вы также можете включить кэширование, это может помочь.
$db['test']['pconnect'] = FALSE;
$db['test']['db_debug'] = TRUE;
$db['test']['cache_on'] = TRUE;