Вы можете связать свои собственные события при наведении в обратном вызове create:
.jcarouselAutoscroll({
autostart: true,
interval: 1000,
scroll: '+=3',
create: $('#thumbs').bind('mouseenter', function () {
$(this).jcarouselAutoscroll('option', 'scroll', '+=0' );
}).bind('mouseleave', function () {
$(this).jcarouselAutoscroll('option', 'scroll', '+=3' );
})
});