Я не знаю ни одного из упомянутых вами программ. Но в целом я могу сказать, что если само программное обеспечение рекомендует использовать одну базу данных, вы должны это сделать.
У меня была похожая проблема с моей базой данных WordPress и другим организационным программным обеспечением, которое я установил. На следующий день все содержимое моего блога исчезло навсегда.
Может случиться так, что, например, программа просто выбрасывает все существующие таблицы.
Так что мой ответ (или лучший совет) таков. Будьте осторожны, и если вы можете избежать этого, не объединяйте два приложения в одной базе данных.
Что касается пользовательской таблицы, вы, вероятно, можете просто изменить одну из систем на использование только пользовательской таблицы другой системы. Так что ничего не облажается. Или, если у вас есть возможность создать третью «общую» базу данных, в которую вы просто помещаете данные своих пользователей и используете их в обеих системах.