Вы можете сохранить ожидаемые конечные значения CSS для каждого анимированного эль, а затем в функции обратного вызова animate установить эти значения, поэтому для каждого анимированного эля что-то вроде
var el = $(selector);
el.data("finalCSS", { your expected final CSS values })
$("selector").animate({animation properties}, function() {
el.css(el.data("finalCSS")).data("finalCSS", undefined);
})
Это не помогает выяснить, почему это происходит (но я не могу воссоздать проблему самостоятельно), но обеспечивает отказоустойчивость, чтобы убедиться, что макет не сломался;