Вы случайно пропустили "двойное связывание" сущностей.То есть вам нужно сделать, например:
$forum = .... // some forum
$thread = .... // new thread;
$forum->getThreads()->add($thread); // first add to list
$thread->setForum($forum); // but also set forum parent within `Thread`
и затем сохранить сущности как обычно ...