Во-первых, я хотел бы сделать такую защиту для 32-битного установщика:
<Condition Message="This installer does not support 64-bit Windows! ">
<![CDATA[NOT VersionNT64]]>
</Condition>
и это для 64-битного установщика:
<Condition Message="This installer does not support 32-bit Windows! ">
<![CDATA[VersionNT64]]>
</Condition>
Но вернемся к вашему вопросу. Я рекомендую установить для Product Id значение "*". Это гарантирует, что каждая сборка создает новый GUID. Вы всегда можете найти этот GUID, если хотите создать патч, используя Orca.
Важным значением является UpgradeCode. Этот GUID создает связь между версиями. Я порекомендую один UpgradeCode для всех ваших 32-битных инсталляторов и другой UpgradeCode для всех вас, 64-битных инсталляторов.