Пожалуйста, смотрите следующую страницу документации NSIS:
http://nsis.sourceforge.net/Docs/Chapter4.html#4.9.3.4
В частности, пожалуйста, посмотрите на предложение, которое гласит:
"$ OUTDIR используется для рабочего каталога. Вы можете изменить его с помощью SetOutPath перед созданием ярлыка."
Другими словами, вам нужно использовать «SetOutPath», чтобы указать папку «Start In» для ярлыка. Вот почему решение, опубликованное Zerofiz, работает:
Section "Desktop Shortcut" SHORTCUT
SetOutPath "$INSTDIR"
CreateShortcut "$DESKTOP\${FULL_APP_NAME}.lnk" "$INSTDIR\${APP_NAME}.exe" "" "$ICONDIR\${DESKICO}"
SectionEnd
Это приведет к запуску ярлыка в $ INSTDIR.