вам нужно использовать
document.getElementById('password').value
и
document.getElementById('password2').value
Кроме того, ваша логика неверна. Первый условный блок сработает, если пароли не совпадают.
EDIT
кажется, что вы используете jQuery, поэтому просто используйте
$('#password').val()
чтобы получить значение поля.
Вы также должны установить innerHTML, используя jQuery (может также) с методом html()