Один из способов сделать это - создать связанную папку, которая указывает на местоположение вашего проекта JavaScript.
New > Folder > Advanced > Link to Alternate Location
Затем перейдите к местоположению JSProj.
Недостатком является то, что это ссылка на файловую систему, а не ссылка в рабочей области. Теоретически вы бы просто хотели добавить проект JavaScript в путь сборки проекта Java, но похоже, что это работает только тогда, когда они оба являются проектами Java (или, возможно, просто одного типа).