Хотя я никогда раньше не использовал ant, предположительно, файлы, скопированные из A, будут иметь текущую метку времени. Если вы удалите все файлы из B с этой отметкой времени, вы должны получить только файлы A, просто следите за проблемой, которая есть в Linux. А именно, несколько временных меток для разных вещей, и если вы копируете, вы меняете одну, но не другую.
Если это не сработает, возможно, вы можете установить владельца файлов в A как специального владельца, прежде чем копировать их. Затем удалите все файлы этого владельца из B. Какое бы решение вы не использовали, оно будет зависеть от того факта, что какой-то фрагмент данных отличает ваши A-файлы от ваших B-файлов, будь то имя, владелец или метка времени. Если нет последовательных различий, вам нужно сделать их.