Для одного 1D-массива можно найти два значения следующим образом:
minValue = min(myArray);
numberOfMinValues = sum(myArray==minValue);
Если ваши 1D-массивы всегда имеют одинаковую длину (и у вас достаточно ОЗУ), вы можете объединить их водин большой массив, после которого вы применяете функции только один раз, чтобы сэкономить время:
%# assuming each 1D array is a column vector (N-by-1)
%# minValues is 1-by-M, i.e. the minimum of each of the M 1D arrays
minValues = min(myLargeArray,[],1);
%# numberOfMinValues is, again, 1-by-M
numberOfMinValues = sum(bsxfun(@eq,myLargeArray,minValues),1);