Я использую последнюю версию Matplotlib из github в Ubuntu 11.04. Я написал фрагмент кода, в котором каждый раз создаю новый экземпляр оси, и это, кажется, приводит к получению графиков, которые вы хотите получить с неповрежденной осью. Проблема, которую вы видите, может быть просто ошибкой, но я думаю, что это работает вокруг нее. Я сделал графики случайных чисел, только для демонстрационных целей.
import numpy
from matplotlib import pyplot
X = numpy.arange(250)
Y = numpy.arange(250)
X, Y = numpy.meshgrid(X, Y)
fig = pyplot.figure()
for ind in range(10):
Z = numpy.random.random( (250,250) )
ax = fig.add_subplot(111,projection='3d')
ax.plot_surface(X, Y, Z, cmap='hot', linewidth=0, cstride = 2, rstride = 2, antialiased=False)
ax.set_zlim3d(0, 1)
pyplot.savefig('example' + str(ind) + '.png' )