Я столкнулся с этой же проблемой. Когда проект eclipse обновляется, он, кажется, хочет коснуться каждого файла независимо от настроек. База кода, над которой я работаю, содержит ~ 70K файлов, и на ее обновление ушло около 2 минут. В итоге я переопределил проект eclipse, чтобы он был гораздо меньшим подмножеством этого проекта (~ 10K файлов) с обновлением ~ 1 секунды. Не идеально, но длительное время обновления недопустимо.
Кстати, флажок «Производные» и параметры «Исключить из сборки ...» НЕ препятствуют обновлению папки.
Обратите внимание, что моему компьютеру 4-5 лет (процессор Pentium IV, жесткий диск 7200 об / мин). Бьюсь об заклад, один из этих новых быстрых твердотельных жестких дисков значительно улучшит время обновления!