Вы можете вызвать API SCM, ChangeServiceConfig и предоставить параметр lpBinaryPathName.
Вот прототип PInvoke из: http://pinvoke.net/default.aspx/advapi32/ChangeServiceConfig.html
[DllImport("Advapi32.dll", EntryPoint="ChangeServiceConfigW", CharSet=CharSet.Unicode, ExactSpelling=true, SetLastError=true)]
internal static extern bool ChangeServiceConfig(
SafeHandle hService,
int dwServiceType,
int dwStartType,
int dwErrorControl,
[In] string lpBinaryPathName,
[In] string lpLoadOrderGroup,
IntPtr lpdwTagId,
[In] string lpDependencies,
[In] string lpServiceStartName,
[In] string lpPassWord,
[In] string lpDisplayName
);
Использование ServiceController класса для открытия SCM и сервиса, который вы просто вызываете так:
static void ChangeServicePath(string svcName, string exePath)
{
const int SERVICE_NO_CHANGE = -1;
using (ServiceController control = new ServiceController(svcName))
ChangeServiceConfig(control.ServiceHandle,
SERVICE_NO_CHANGE,
SERVICE_NO_CHANGE,
SERVICE_NO_CHANGE,
exePath,
null,
IntPtr.Zero,
null,
null,
null,
null);
}