Вы можете использовать hciconfig, инструмент, поставляемый как часть BlueZ. Фактическое сопряжение / шифрование выполняется внутри устройства BT, а не в стеке хоста. Вы просто настраиваете устройство BT с помощью hciconfig, чтобы сообщить ему, следует ли выполнять аутентификацию и шифрование.
См. справочную страницу hciconfig , в частности, команды auth / noauth и encrypt / noencrypt