Вы можете удалить все файлы, созданные Rails - просто посмотрите на распечатку в командной строке, посмотрите, какие файлы были созданы rails, и удалите их.
Я не знаю, почему вы захотите создать все таблицы в БД, но это нормально, я думаю. Я предпочитаю позволить рельсам делать это. В любом случае, Rails не будет возражать. Вы всегда можете добавить / изменить поля с помощью Rails, даже если вы создали таблицы вне Rails.
Рейкасты Райана Бейтса - отличные уроки.