Я не проверял это, но это может сделать то, что вы хотите:
function timediff($time1, $time2) {
list($h,$m,$s) = explode(":",$time1);
$t1 = $h * 3600 + $m * 60 + $s;
list($h2,$m2,$s2) = explode(":",$time2);
$seconds = ($h2 * 3600 + $m2 * 60 + $s2) - $t1;
return sprintf("%02d:%02d:%02d",floor($seconds/3600),floor($seconds/60)%60,$seconds % 60);
}