Если вы хотите убедиться, что они не вызываются в одно и то же время, установите для параметра MaximumConcurrentOperationCount: в вашем NSOperationQueue значение 1.
- (void)setMaxConcurrentOperationCount:(NSInteger)count
Это предполагает, что вы помещаете обе ваши NSOperations в одну и ту же очередь.
В ответ на другие ваши вопросы.Я не уверен, что вы делаете, но да, если хотите, вы можете держать сильную ссылку на вашу NSOperation на AppDelegate, и вы можете проверить isFinished