Мне удалось выяснить, что я делаю неправильно, слайдер работал до загрузки страницы, я просто добавил функцию загрузки окна, так что ...
$(window).bind("load", function() {
$('#slider').cycle({
fx: 'scrollLeft',
cleartype: true,
cleartypeNoBg: true,
pager: '#li-number2',
requeueOnImageNotLoaded: true
});
});