У меня такая же проблема. изменение разрешений в папке не устраняет проблему
В моем случае это потому, что установлен umask 27, который по умолчанию создает файлы с
-rw-р -----
разрешений,
Очевидно, что git утомляет, чтобы создать каталог, который не может быть сохранен пользователем.
Поэтому это ошибка в git.
Примечание: я заметил, что использование редактора vim позволяет обойти эту ошибку.
Похоже, у gedit и kate проблемы с разрешениями.