может быть пара проблем
$(function () {
alert("works");
}); <--------- you are missing a semi colon
убедитесь, что вы включили jquery
если вы загружаете jquery
из Google CDN, возможно, он заблокирован на сервере, в этом случае ссылка на jquery.js
сохранена на вашем сервере