Используйте комбинацию цикла for и функции почты, например:
$rs = mysql_query('SELECT email from emailList LIMIT 0, 10');
while(list($email) = mysql_fetch_row($rs))
{
// Send Email
mail($email, 'Your Subject', 'Your Message');
}
Но, как все говорят, не запускай все это за один раз. Я серьезно сомневаюсь, что любой сервер справится с нагрузкой по 1000 запросов по электронной почте. Запустите задание cron, которое будет выполняться так, что ваш код при каждом запуске извлекает, скажем, 30-50 писем и отправляет их.