Полагаю, вы пытались включить src примерно так:
<fileset dir="src"/>
Это должно работать, если вы используете это:
<fileset dir="." includes="src/**"/>
Если вам нужно поместить файл или каталог по определенному пути в войне, вы можете использовать вместо него zipfileset и его префиксный атрибут, например,
<zipfileset dir="." includes="src/**" prefix="WEB-INF"/>
(См. Также примеры в документации к боевым задачам , которая включает использование zipfileset).