из моего опыта работы с egit, это действительно ужасный плагин. Термины, которые они используют, и то, как интерфейс управляет несколькими пультами, просто сбивают с толку.
Попробуйте стороннее приложение git, например Tower или SmartGit. Вы найдете эти инструменты намного лучше и проще в использовании.