Не может быть правильного ответа для всех ситуаций.Если вы являетесь единственным, кто использует этот репозиторий, или вы единственный, кто использует этот подкаталог репозитория, тогда может не быть проблем с хранением файлов проекта IDE.Если многие люди редактируют и создают один и тот же код, то, вероятно, лучше не хранить файлы проекта IDE.
В общем, все, что сложно создать, должно храниться где-то, либо в репозитории, либо в репозитории.на веб-сервере или что-то.Все, что легко создать, хранить не нужно.