Как уже говорили другие, используйте flock .Также см. perlfaq5 в разделе «Как заблокировать файл».
Важно отметить, что в любом случае это рекомендательная блокировка, поэтому нет необходимости фактически блокировать файл .yaml.Вы можете просто заблокировать файл блокировки (возможно, yourfile.yaml.lock) и разблокировать его, когда закончите.
Это также дает вам возможность сказать «этот блок операций требует монопольного доступа», а не просто ограничить вашу исключительность одним файлом.