Я изучил это и нашел способ, который работает (в qt 4.7.2), настроив qt с файлом qt.conf
.
В моем случае я добавил qt4-4.7.2/bin/qt.conf
(он должен быть в том же месте, что и исполняемый файл qmake
)
Со следующим содержанием:
[Paths]
Prefix = c:/my_path/to/qt4-4.7.2
и qmake -query начал возвращать правильные пути!
Подробнее см. http://doc.qt.io/qt-4.8/qt-conf.html
[Обновление:] Поскольку, по крайней мере, Qt 5.3.1 (протестирован со статическими версиями 5.3.1 и 5.5 в Windows 8) вы можете просто сделать
[Paths]
Prefix = ..
и разверните установку Qt в любом месте.