Что касается вашего второго вопроса, если кто-то еще использует ваш код, и если ваш код использует Base64, то просто компиляция не поможет, вам придется снабдить jar Base64 вашим кодом, так как код во время выполнения зависитна код Base64.
К первому вопросу, в самом проекте вы можете добавить jar Base64, а затем попытаться выполнить jar в автономном режиме.Есть способ добавить банку в банку, и тогда ваш код будет использовать эту банку внутренне.