Вы говорите, что хотите вернуться до init и update , что может привести к ситуации, когда подмодуль все еще присутствует в .gitmodules, но является пустым каталогом.который не зарегистрирован в .git/config.
Предположим, ваш подмодуль называется foo/bar, тогда вы можете сделать следующее:
# Move the submodule out of your repository, just in case you have changes
# in there that you realise afterwards that you'd like to preserve:
mv foo/bar/ ~/backups/old-foo-bar/
# Recreate the submodule directory, but empty this time:
mkdir foo/bar/
# Remove all the config variables associated with that submodule:
git config --remove-section submodule.foo/bar
# Note that the submodule name is *without* the trailing slash