В общем не очень. Хотя оба решения являются очередями, вы обнаружите, что очереди Windows Azure не имеют таких же гарантий, как MSMQ (по уважительной причине). Например, WAQ поддерживает модель доставки «хотя бы один раз» против «ровно один раз». Он также использует модель 2PC, где вы должны открыть и затем удалить сообщение. Он также не участвует в таких транзакциях, как MSMQ. Однако для сценариев организации облачных очередей некоторые из этих соображений имеют меньшее значение. Есть и другие нюансы (TTL сообщения, невидимость, обновления, время хранения и т. Д.), Которые отличаются.
Возможно, будет проще ответить более полно, если вы объясните, какие функции нужны вашим очередям должен . Кроме того, имейте в виду, что в AppFabric есть служба очередей, которая также может подойти в зависимости от того, что вам действительно нужно.