Вам нужна таблица «многие ко многим», которая свяжет идентификаторы статей с идентификаторами категорий
CREATE TABLE articles_categories (
id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
articles_id INT,
category_id INT
) TYPE=myisam;
Так что для каждой категории, которую вы связываете со статьей, вам нужно будет вставить строку в эту таблицу.
Возможно что-то вроде:
$currentArticle = array('id' => 99, 'name' => 'Test Article');
$currentCategory = array('id' => 1, 'name' => 'First Category');
mysql_query(sprintf('INSERT INTO articles_categories (articles_id, category_id) VALUES (%d, %d)', $currentArticle['id'], $currentCategory['id']));