Каждое соединение time_wait - это соединение, которое было закрыто.
Возможно, вы подключаетесь к mysql, отправляете запрос, а затем отключаетесь. Повторите для каждого запроса на странице. Подумайте об использовании инструмента пула соединений или, по крайней мере, глобальной переменной, которая поддерживает ваше соединение с базой данных. Если вы используете глобальный, вам придется закрыть соединение в конце страницы. Надеюсь, у вас есть что-то общее, что вы можете выразить, например, нижний колонтитул.
В качестве бонуса вы должны получить более быструю загрузку страницы. MySQL быстро подключается, но не нужно подключаться еще быстрее.