Что ж, я собираюсь изложить решение для imaplib, как предложил Клетус. Я не понимаю, почему люди чувствуют необходимость использовать gmail.py или Atom для этого. Это то, для чего был разработан IMAP. Gmail.py является особенно вопиющим, поскольку фактически анализирует HTML-код Gmail. Это может быть необходимо для некоторых вещей, но не для подсчета сообщений!
import imaplib, re
conn = imaplib.IMAP4_SSL("imap.gmail.com", 993)
conn.login(username, password)
unreadCount = re.search("UNSEEN (\d+)", conn.status("INBOX", "(UNSEEN)")[1][0]).group(1)
Предварительная компиляция регулярного выражения может немного улучшить производительность.