@ Дейв Ньютон поставил меня на правильный путь. Ответ включал несколько вещей. Как указал Дейв, я добавил эти строки в hibernate.cfg.xml:
<property name="hibernate.connection.SetBigStringTryClob">true</property>
<property name="hibernate.jdbc.batch_size">0</property>
Ранее я использовал hsqldb-2.0.0.jar. Я обновил это до текущей версии (hsqldb-2.2.5.jar). Я думаю, что это был главный виновник, и я клянусь, я заметил увеличение производительности базы данных с тех пор.
Я также обновился до текущей версии ojdbc14.jar (10.2.0.5). Ранее я был на какой-то старой версии, но я точно не знаю, какая именно. Следует отметить, что даже после обновления до версии 10.2.0.5 проблема не исчезла. Только когда я обновил версию hsqldb.jar, проблема была решена.