Вы можете добавить пользовательский хук импорта, который ищет встроенные ресурсы при выполнении импорта. Это немного сложно и, вероятно, не стоит хлопот.
Лучшим способом было бы извлечь все встроенные модули во время запуска, выполнить их с помощью ScriptEngine и поместить созданные модули в словарь sys.modules, связанный с этим движком. Это автоматически делает их доступными для импорта по коду Python, выполняемому движком.