Часы не контролируют последовательность инструкций. Часы контролируют количество раз в секунду, которое процессор "тикает". Каждый раз называется циклом, и, следовательно, каждый цикл занимает некоторое время для завершения.
Последовательность инструкций определяется запущенной программой. Современные процессоры также включают оптимизацию, которая влияет на точную последовательность.
Эти оптимизации также делают тактовую частоту (= количество циклов в секунду) менее значимой. Например, двухъядерный процессор может выполнять две инструкции в одном цикле.
Да, обычно инструкции выполняются за пару циклов, и компиляторы оптимизируют программы так, чтобы меньше использовать дорогостоящие инструкции.