как вы делаете выбор времени, чтобы проверить разницу? (дамп консоли?)
Некоторая задержка неизбежна, поскольку innerHTML (или манипулирование DOM, в этом отношении также) требует, чтобы браузер интерпретировал и обрабатывал и отображал изменения. Конечно, в зависимости от размера изменения, это может занять 1 сек.