Вы можете использовать
<!--[IEMobile]>
<meta name="MobileOptimized" content="width" />
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="ie-mobile.css"/>
<![endif]-->
Но еще лучше было бы настроить для мобильных устройств сначала, так сказать, отсутствие медиазапросов как медиазапросов. И использовать:
<!--[if (lte IE 8)&!(IEMobile)]> <html lang="en" class="ieLte8"> <![endif]-->
Так что вы можете использовать селектор: .ieLte8, чтобы сделать то же самое, что и для средних дисплеев через медиазапросы.