Использование контрольной суммы MD5 было бы одним, очень интенсивным способом сделать это, однако, если вы сравните временные метки для данных «измененной даты» в файле, вы сможете эффективно найти файлы, которые были изменены.
Это должно помочь вам начать
File file = new File(absolute_file_location);
if (file.exists())
{
Date lastModified = new Date(file.lastModified());
}