В вашем Javascript должна быть ошибка, например, при попытке манипулировать частью DOM, которая не загружалась до вашего скрипта.
Следующие оценки ожидаются:
protected void Page_Load(object sender, EventArgs e) {
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.Append("<script type='text/javascript'>" + Environment.NewLine);
sb.Append("alert('hello world');" + Environment.NewLine);
sb.Append("</script>" + Environment.NewLine);
litTags.Text = sb.ToString();
}